单倍群Y被分为两个一级亚枝，Y1和Y2。在2016年发表的一项研究中，在下阿穆尔州下加万的Ulchi样本中观察到mtDNA单倍群Y1A，而在菲律宾吕宋岛芒廷省的Igorot样本(新加坡样本)和夏威夷样本中观察到mtDNA单倍群Y2a1。

Y1在单倍群Y的东北亚范围内占优势，以鄂霍次克海为中心。Y1*在两个维族人、台湾的闽南汉人和汉人中观察到，Y1A*在Nivkh、Zabaikal的Buryat、蒙古、中国的达斡尔族和汉人、朝鲜和西藏观察到。带有额外T16189C突变的Y1A在尼夫克人和几个通古斯人(中华人民共和国的赫哲人、乌尔奇人、乌德盖人，甚至在科利马河和因迪吉尔卡河流域)中很常见。在至少5名维吾尔族人、1名吉尔吉斯人、1名布里亚特共和国布里亚特人、1名中国赫哲人、1名乌德盖人、3名泰梅尔埃文克人和2名萨哈共和国中部雅库特人中观察到Y1a1。在Koryaks和堪察加省的1名埃文克人中观察到Y1a2。Y1A似乎是一个相对年轻的单倍群，根据13个完整基因组(Ulchi x6，Nivkh x3，Koryak x2，Even x1，蒙古x1)估计年龄为6000年(95%CI3，300<->8800)；然而，该估计可能仅与Y1a2和大多数Y1A*和Y1a-T16189C单倍型的TMRCA相关，因为不确定已分析的任何Y1A mtDNA属于Y1a1分支。[2](然而，YFull估计整个Y1A叶系的TMRCA，包括Y1a1和Y1A*以及Y1A+T16189C和Y1a2的所有列表成员，为6，300[95%CI3，800<->9，800]ybp，因此，添加Y1a1亚枝的成员显然不会显著影响到Y1A分支最近共同祖先的时间估计。)在来自Buinsk的鞑靼人中观察到Y1B，在中国观察到Y1b1，在中国和日本观察到Y1b1a。整个Y1分支的年龄是从17个完整的基因组中估计出来的(包括前面提到的13个Y1A分支成员加上1个日本人，1个中国人，Y1B分支的1个鞑靼成员加上Y1的1个坎尼根成员*)为12，400(95%CI5，900<->19，100)ybp。

Y2A主要分布在单倍群Y的东南亚地区，以菲律宾和苏门答腊岛为中心，但Y2b在日本和布里亚特人中观察到，Y2*在中国、日本和Khamnigan样品中观察到。

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