古DNA和检测的迷思：snp的深度理解

我再次利用了之前的模拟数据，构建了该模拟家系的Y树。在之前的讨论中，已经可以明确每个snp并不代表唯一的男子，而是一个男性群体（家族），他们拥有共同的snp。当然，我们也不否认这个群体可以为一个男子。这就是它固有的迷思之处：测得的snp可以确定它和谁绑定了。但它无法确定唯一性，它仅属于一个群体，而这个群体可以是唯一样本空间，也可以是多样本空间。如果是唯一样本，我们可以很肯定支系的变化；如果不是唯一样本，我们就会出现难以确定。

下面是模拟家族的Y树：

这里可以很清晰的看出白色Y的子代有8叉，它和家族的具体情况差别不小。模拟家族的实际情况是，白色Y在该家族中传递了三代，且白色Y的男子中拥有最大数量儿子的仅仅为四个。但他们展现出来的Y树支系却有8叉，即该家族白色Y拥有的那个时段的最大分叉是8。如果仅仅查看检测样本构建的树形却是5叉，绿色小三角标记的位置。

这两天得空随机设计了这个模拟家族以及snp相关和对应的Y树形，仅有一个目的，就是希望大家能够理解清楚snp和Y树之间的关系。也希望大家能够实现更为准确的预估和判断。