2015年的论文《Low Mitochondrial DNA Diversity in an Ancient Population from China: Insight into Social Organization at the Fujia Site》给出了大汶口傅家遗址的四个男性的Y染色体结果：一个O系，两个N系，还有一个K*(xO),由于不大可能是QR，因此这个测试不到下游的应该还是N系。
结合付巧妹团队对于扁扁洞和后李文化的测试（全部是N1b-CTS582）,这三个人大概率是N1b-CTS582。这样一来，N系占比高达75%，而O系仅有25%.许多人感到不可思议，因为后续的龙山文化中O系占绝对主导。有人认为当时大汶口南北片区的遗址有较大差异，南部遗址以O系为主，在龙山时期覆盖了北部，事实果真如此吗？
从考古看，龙山化的历程是从南部地区向北部推进的，那么南部地区的人口变化情况如何呢？《南方文物》杂志2023年第三期刊载了《长时段视角下的鲁东南沿海地区的人口与政治变迁》一文，调查了鲁东南地区包括尧王城，两城镇等重量级遗址的人口变迁史。
结果是惊人的，从大汶口晚期到龙山早期，无论遗址数量，遗址面积，还是人口估算，增长都高达几十倍，这意味着外来人口是本地土著的十倍都不止，土著完全淹没在外来移民的汪洋大海里，这就可以解释为什么大汶口N系主导被龙山O系替换。人口折线上出现一个斜率非常大的暴增。到了龙山中晚期，又急剧减少，晚期遗址数量和面积甚至只有早期的零头，这可能是受到4.2千年事件的洪水影响，其结果是辽东半岛的东北亚人群侵入，龙山文化再次转换到岳石文化，带来支石墓等文化因素，但比起龙山兴盛期仍然是大为衰退。看了上表不难理解：为何土著的N系会被外来的O系逆袭。这使得粟作为主的大汶口文化，在龙山时期，山东半岛转换到了稻作为主，拔牙风俗消退；岳石文化时期，C2南支又大量涌入。
付巧妹团队2021年发表的《Maternal genetic structure in ancient Shandong between 9500 and 1800 years ago》一文同样从母系角度证实了以4600bp为界，前后母系有显著的差异，这个年代正是大汶口向龙山文化的转换时点。
考古学界的主流观点认为龙山文化是大汶口自主发展起来的，根据上述数据和古DNA，现在这个观点被完全推翻：海量稻作外来人口涌入才是大汶口转换到龙山的根本原因，原有土著被淹没，对于后世人群的遗传贡献很小。
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